Blue Archive The Animation mở ra câu chuyện hấp dẫn xoay quanh sự mất tích bí ẩn của Chủ tịch Hội học sinh liên bang, khiến Kivotos rơi vào tình trạng hỗn loạn khi thiếu đi người lãnh đạo quan trọng. Trong bối cảnh đó, Câu lạc bộ Điều tra Liên bang Schale – nhóm mới nhất và cũng là câu lạc bộ cuối cùng được phê duyệt trước khi tổng thống biến mất – được triệu tập để giải quyết các vấn đề đang diễn ra. Dưới sự chỉ dẫn tận tình của Sensei, các thành viên Schale sử dụng vũ khí cá nhân và điện thoại thông minh để đối mặt với những thử thách gay cấn, đồng thời xây dựng tình bạn và trải nghiệm những mối quan hệ đầy cảm xúc. Blue Archive The Animation không chỉ mang đến những pha hành động kịch tính mà còn khắc họa sâu sắc về tình yêu và sự gắn bó giữa các nhân vật trong bối cảnh đầy biến động tại Kivotos.